брать рейсы с пересадкой в Амстердаме не стоит, не пропустят? Я хотел лететь Стамбул-Амстердам-Сан-Пауло-Сантьяго.

Я не могу делать никакие утверждения, тем более про последнюю неделю я не слышал ничего. Могу разве что порекомендовать изучать вопрос. Конкретно у вас будет еще и рабочая виза, поэтому даже в таком случае проблем возникнуть не должно.