пустит ли Литва наземно с русским заграном по визе С транзитом к мужу гражданину Германии, который живет соответственно тоже в Германии?(Эстония перестала так пускать)

Должны, свид и фото паспорта мужа с собой.

Нам на границе проконсультировали, правда эстонцы, что нужно просто заезжать через самую ближнюю к конечному пункту страну, если пункт перехода такой есть. То есть это Латвия.

Это надо на литовский погранпереход звонить и узнавать.