Подскажите, возможно ли поменять рабочую краткосрочную визу Японии (три месяца) на студенческую внутри страны?

Думаю это может знать только тот, кто уже столкнулся именно с такой ситуацией. СтОит спросить в справочной визового отдела посольства Японии, если Вы ещё в своей стране, или в миграционном отделе, если Вы уже в Японии.