Если я утром вылетаю из Хельсинки в Германию и потом за пределы Евросоюза, могут ли меня не посадить на самолёт в Хельсинки в связи с их новыми требованиями к транзитникам и тд.

Проблем быть не должно. Вы уже на территории Финляндии. Никаких дополнительных вопросов по передвижению человека в Шенгенской зоне быть не должно. Это же один из приоритетов союза - свободное перемещение.