Как вы думаете, если находиться в шенгене долго, 5-6 недель, будут ли проблемы в дальнейшем при въезде?

Будут.

Если не нарушите условия визы то никаких проблем не будет.

Смотря какая у вас виза. Если мульти и 90 дней, то если не нарушаете по количеству дней пребывания, то проблем не должно быть.( 90 дней дается на одно полугодие, если не ошибаюсь, то считывается полугодие с момента первого заезда в шенген).

Зависти от визы и не срока.