Подскажите, а со стороны Казахстана по земле можно въехать в Кыргызстан по паспорту РФ?

Да вроде.

На жд пересекал так 3 дня назад.

Да.

Можно по российскому просто.

Можно, но тогда нужно просить на границе какую-то миграционную карту, где стоит дата Вашего въезда в страну. Иначе, как докажете, когда перешли границу при оформлении регистрации.