У нас двое детей, 2-3 года. Дочка вписана в паспорт матери, а сын нет. Но свидетельства о рождении конечно же есть. Не возникнет проблем с ребёнком который не вписан при пересечении границы?

Лучше вписать. Это дело 5 минут.

У нас дочь не вписана. Со свидетельством прошли границу без особых вопросов.

У вас гражданский или загранпаспорт? По свидетельству о рождении это главное условие прохождения границы, если гражданский паспорт РФ у родителя, и не важно вписан ребёнок или нет. У меня вообще обе дочки не вписаны, правда проходили по загранпаспорту. Наблюдала как другие с Российскими общегражданскими документами проходили, так вот наличие свидетельства о рождении детей обязательное.