Я могу из Самары вылететь в Ереван по внутреннему паспорту, не проходя контроль?

По российскому паспорту.

Не проходя какой контроль? По паспорту РФ можно, но таможню это не отменяет.

Режим пересечения государственной границы с Республикой Армения предполагает использование внутреннего паспорта РФ, но остальные правила пересечения границы(погранконтроль, досмотр багажа, таможенный контроль) производится по всем привычным нам правилам, учитывая законодательство стран Таможенного союза.