Если у меня бустер спутник 5, но со второго укола прошло 5 дней. Я правильно понимаю, что первый укол засчитывают как бустер и пускают на филиппины без ПЦР?

Технически все правильно, практически сотрудникам авиакомпании на регистрации может показаться это неправильным. Связывайтесь с авиакомпанией заранее для уточнения, что у вас все ок с бумажками, и/или ПЦР на всякий случай сделать можно.