Имея два гражданства, я могу выехать по молдавскому гражданству? Если при этом заезжал по Российскому.

Выезжать из РФ все равно должны по РФ, а дальше без разницы.

Вы обязаны выезжать и въезжать как гражданин России, не важно какое у вас второе гражданство. А если въехали по России и выезжаете по другому гражданству - на границе у вас будут большие проблемы.