Подскажите пожалуйста. Если меня в аэропорту БГ, не впустили в страну и выдали бумагу о подозрении в незаконной эмиграции,(пробовал экстренную репатриацию),впустят ли меня в дальнейшем, после прохождении и одобрении консулом в России?

По идее да, потому что у вас в паспорте будет стоять репарационная виза. Более того, в аэропорту Бен-Гурион вы не будете проходить тот стандартный паспортный контроль.

Когда одобряет консул это практически гарантия гражданства. Даже если здесь завернули. Он то больше времени на анализ имеет. И доки лучше смотрит. И принести другие попросит. Поэтому не повлияет существенно отказ здесь.

Да и в БГ пройдете по экстренной еще раз, с документами, если полетите не в шаббат и заглянете в Натив перед паспортным контролем.