Если билет в Стамбул, пересадка в Баку но там с повторной регистрацией. Она делается в транзитной зоне или с выходом?

Если с регистрацией, значит получаете багаж. Если получаете багаж, значит не транзитная зона.

Ну и сама регистрация, естественно, проводится не в транзитной зоне.