Кипрскся компания ведет учет в долларах США. Для целей налоговых деклараций по прибыли и ндс, данные пересчитываются в евро.

Это скорее аудитор должен возмутиться - курс на день выставления счёта по ЕЦБ должен учитываться. Что-бы налоговая увидела ваш курс - это надо как-то очень постараться, если у Вас счета в EUR а учет в USD - это вообще должны быть параллельные учёты. т. е. USD учёт для "себя" не бухгалтерский, чисто финансовый.

Учёт в долл, аудит Фин отчётности в долл, td4 по курсу, курс указывается в декларации и в отчётности при пересчёте в евро суммы налога, пока налоговая все принимает. Каждую операцию долл евро не переводим, пока все норм.