Если я в Канаду по программе SE подамся на визу по одной профессии, а по EE по другой, будет ли это дезинформацией или ещё чем-либо?

Если у вас есть опыт и по той, и по другой специальности, то как это может быть дезинформацией? Вы ж все равно будете описывать опыт в другой специальности и так.