можно ли въехать в португалию по туршенгену, податься на ИП (собрав все документы и открыв счет) и затем уехать? А потом к моменту рассмотрения ВНЖ снова вернуться по туршенгену?

В теории да, на практике сейчас счета не открывают.

Нет. Если вы подаетесь по статье с национальной территории вы должны находиться на Нац. Территории. В противном случае вы должны подаваться на визу через посольство.