Могу ли я в референсе с одного места работы указать сразу две должности? Обязанности со второй, на которой было полставки, попадают под описание NOC, а с первой, основной, не попадают ни под какую толком.

Ну тогда получится, что у вас по конкретному NOC есть только парт-тайм опыт. Я бы на вашем месте обратилась за помощью в определении NOC к консультантам, чтобы не получилось так, что у вас в итоге опыт не засчитают нормально.