как Португалия может контролировать, что ты из нее не выезжал во время получения ВНЖ, если находится в шенгенской зоне где нет границ и блокпостов?

А правило 90 дней из 180 не применяется?

@T: Про это не в курсе, но в целом применяются те же правила, как для нахождения в любой стране Евросоюза. Если у вас есть шенген и он будет валидным для въезда для получения ВНЖ — можете спокойно ехать. Если нет, то остаетесь в стране и ждете с риском штрафа за оверстей. Вроде так. D визы тоже вроде считаются основанием для пребывания (пока не истечет их срок)