Если я стану самозанятым в РФ и буду платить налоги в РФ, то этого достаточно для ПТ?

Достаточно, будете платить 4-6% в РФ и 50% в ПТ:) ну чуть меньше, но в общем не засчитают ваш СЗ.

Нет, дело в законе о двойном налогообложении. И варианты с упрощёнкой и самозанятыми в этом законе не обговариваются. То есть с точки зрения Португалии считается, что налог вы не уплатили и надо платить его в ПТ.