Подскажите, пожалуйста, насколько я понимаю, временная защита в Португалии - это уже внж, но могу ли я потом на основе него подаваться на гражданство ?

Да, ВЗ приравнивается к обычному внж. После его окончания через 2 года вам нужно будет продлиться по любому другому основанию ещё минимум на три года, а по прошествии 5 лет сможете подаваться на паспорт.