Подскажите, если есть два гражданства, Россия - Израиль, то таможенники Эстонии пропустят?

По паспорту Израиля пропустят без проблем.

Гражданство РФ не является абсолютным стопом, как, например, гражданство Израиля для многих мусульманских стран или факты въезды в эти страны для Израиля. Ограничения касаются российских граждан с шенгенской визой типа C. Если в вашем российском паспорте такой визы нет - а её там нет, если у Вас и так есть другой, безвизовый, паспорт - то и ограничения не применяются. По этой же причине маловероятно, что его спросят.