Еду в Польшу через Финляндию, назад хочу автобусом через Таллинн с остановкой на 2 ночи. Разрешают эстонцы такой длительный транзит по дороге домой? Или "строго проследуйте в направлении дома и ни минуты задержки на их территории"?

На возвращение домой эти правила не распространяются.

Все ограничения так или иначе привязаны к факту ВЪЕЗДА в ЕС через внешние границы Эстонии. Внутренние перемещается из других стран ( и границ нет), и выезд в РФ через эстонскую границу не ограничен.