Я программист, хочу приехать в Португалию и оформиться как ИП, получить льготный налоговый режим ( который 20%)

На сайте иммиграционной службы можно посмотреть требования и виды иммиграции

1. Льготный налоговый режим (скорее всего NHR) и виза не связаны. 2. NHR 20% это только НДФЛ, поищите ещё информацию про социальный налог. 3. Подаваться будете на визу Д из Турции? Тогда 2 года ждать не надо, будет срок до получения D (1-2 месяца) + срок до обмена D на ВНЖ (4-5 месяцев) = примерно полгода, если у вас уже все готово. 4. Два года ждать это если подаваться как ИП изнутри Португалии и ждать там невыездным. Есть возможность побыстрее, поищите информацию на сайте от Нины по статье 90.