Если я вьеду в ПТ по российскому паспорту (в котором виза) Смогу ли я на армянский паспорт оформлять далее все вещи (аренду, счет, ип) Можно с ним задекларировать вьезд (через отель, например) Или только через паспорт в котором виза?

Всегда во всех госучреждениях смотрят на визу. А вдруг вы нелегал? Сейчас к украинским паспортам отношение более лояльное, но армянский паспорт без оснований для легального въезда - такой, в общем, вариант..

Нет, не сможете. Одним из условий легализации явлется легальный въезд по тому паспорту, на который вы подаете документы.