Подскажите пожалуйста кто знает, если у человека была судимость и она якобы погашена по истечению времени, дадут ли справку о не судимости которую надо для легализации в Португалии?

Если погашена, то в справке будет. Если снята, нет. Это разные вещи.

Погашение судимости по сроку и снятие судимости - это разные вещи. Снятие судимости происходит только в судебном порядке. В случае погашения по сроку в справке в любом случае будут сведения о судимости с отметкой о её погашении. Кроме того, в справке есть и вторая часть, где отражаются сведения даже о самом факте уголовного преследования, что не равно судимости. Можно и до суда не дойти, получить прекращение дела, например по амнистии, или примирению сторон, или малозначительности, или другим основаниям, но сведения об этом всё равно будут в справке.