могу я подаваться на визу в португалию по 89 в Москве или в Питере через консульство напрямую?

Статьи 89,90 и прочее - это легализация внутри ПТ Если идти через визу Д за пределами ПТ, то примерные аналоги 89 это Д2,90 это Д3.