Подскажите, пожалуйста, если получить визу D7 и ехать в Португалию на машине, это вызовет проблемы? Нужно ли строго въезжать первой в Португалию?

Вообще без разницы, хоть пешком приходите. Требования о пересечении именно границы Порутгалии по визе Д7 не существует, пересекайте где вам удобней.

При подаче заявки на d можно было указать страну въезда.