Подскажите, если на данный момент нет работы и планов работать в Португалии ближайшие пару лет, а также нет дохода за рубежом, стоит ли сразу подавать на NHR или только после того как появится доход?

На nhr надо податься не позднее 31 марта года, следующего за обретением налогового резидентства Португалии. Если пропустите срок, потом это сделать невозможно. И это не зависит от того, есть на этот момент доход или нет.

Подавайтесь сразу, прямо на след день после получения нр Пт. Не надо ничего ждать.