Как эффективней и проще? Подавать на D2/D7 в стране проживания или на месте, т. е. приехать сразу в Лиссабон и здесь подать?

Если изнутри подать на визу D планируете, то не получится, так как это виза. Ее получают вне страны. Изнутри есть другие варианты, но, говорят, что срок ожидания легализации 1,5-2 года, в это время вы не должны покидать Португалию.