По прошествии трёх месяцев нахождения на Бали, симкарту перерегистрировать можно в любом отделении телкомсел, или ехать в то, где изначально покупалась?

В любом. да и во многих обычных магазинах и лавках с аксессуарами продавцы научились это делать.

Только регистрация не симки а телефона, точнее imei телефона.