Подскажите, пожалуйста, если визу д7 в португалию в москве не дадут, то потом на нее нельзя будет снова попробовать подать? Если, например, получить внж др. страны и оттуда уже подаваться?

Можно. Смотреть надо какая страна с ВНЖ. Если Латвия и Литва, то консульство Португалии в Копенгагене предпочитает посылать в пеший поход вне зависимости от гражданства. По остальным странам такая же история. Сначала узнавать работает ли подача через ВНЖ, потом уже выбирать ВНЖ.