Собираемся лететь в Тель-Авив через Баку. Если в Баку сначала остаться на 2 дня погулять, а затем в Тель-Авив, не будет сложностей?

Мы иногда такие билеты берём и гуляем в стыковочном городе до вылета . В Риге , Париже , Стамбуле так делали , никогда проблем не было.

Нормально. И Баку того стоит.