Скажите пожалуйста, если на студ визу можно подать через Меркурио, зачем тогда это делать из Испании. Можно онлайн из России, имея цифровую подпись?

Нужно находиться легально на территории Испании, что нужно подтвердить документами - скан паспорта, действующей визы и штапма о въезде. Если въезд был через третью страну шенгена, то допом могут посадочные/подтверждение въезда в испанию попросить.