билет Барселона ( Испания) - Вильнюс. Как я понимаю, из Турции, если я прилечу в Вильнюс по визе С меня не выпустят. А если из Испании, то как? По их логике, Испания не должна меня регистрировать на рейс , иначе как?

Почитайте внимательно какой именно запрет: Ограничения на пересечение сухопутной границы с Эстонией, Литвой, Латвией и Польшей вступят в силу в ночь на 19 сентября. Как заявил глава эстонского МИДа Урмас Рейнсалу , начиная 00: 00 россияне не смогут попасть на территорию этих государств, вне зависимости от того, какой страной выдана шенгенская виза.