Реально ли вести эстонскую бухгалтерию без знания эстонского?

Да. У нас так бухгалтер 12 лет работает.

Программы для ведения разные есть, в т. ч. на английском и даже на русском что-то попадалось. У налоговой кабинет для подачи отчетности на русском точно есть (правда, местами не переведён с эстонского). Годовой отчёт на эстонском обязательно составляется. На английском - по желанию.