Подскажите пожалуйста, если виза заканчивается через полтора месяца, но дни уже использованы все, можно ли на новую подавать уже?

Подавать можете хоть когда, но указывать срок, не входящий в уже использованный.

Вы можете подать на след день после окончания, раньше не примут. Я тоже думала, что можно по раньше, но нет..

Берёте дату предполагаемого въезда, отсчитываете от неё 180 дней назад и смотрите, сколько дней вы находились в шенгене в эти дни, потом эти дни отнимаете от 90 дней и получаете количество дней, в течение которых разрешено быть с предполагаемой даты въезда в шенген.