Если у меня две визы: шенгенская и национальная болгарская, могу ли я сначала 3 месяца находиться например в Болгарии: по болгарской визе, а потом 3 месяца в одной из стран Шенгена, по шенгенской? Или в обратной последовательности?

Почему это одна аннулирована? Ничто не мешает иметь одновременно шенгенскую визу и болгарскую.

@Gloria: Мешает. На сколько помню при получении шенгена, национальная виза стран шенгена считается анулированной. Болгария в принципе не в шенген зоне. Но так как принимает шенген, лучше уточнить у уполномоченных людей, чтоб не получить потом депорт за нарушение сроков пребывания.

@Alexander: Болгария не шенген.