Правильно ли я понимаю правило: при подаче 12 сентября и первой поездке с 4 до 6 ноября страховка должна покрывать весь период с 12. 09 (

Нет, страховка со дня первой запланированной поездки.

Страховка берётся на определённое количество дней, например 30. И эти 30 дней Вы можете использовать в течение года, а можно и двух ( нужно при оформлении этот момент оговорить). Когда Вы находитесь не в ЕС, дни не вычетаются. Если Вы за этот год или два проведёте не больше 30 дней в ЕС, то Вам Вашей страховки хватает на весь срок действия визы ( 2х-летней).