Подскажите пожалуйста, открыт финский мульти шенген на год, хочу первый въезд через Эстонию транзитом в Испанию, есть шансы что эстония не пропустит?

Могут не пустить. Если бы виза была уже открыта , то нет проблемм. Лучше открыть финский мульт в финке. В любом случае , окончательное решение принимает персонал конкретного ПП. Смотря как настроен начальник смены.