Если я вылетаю из москвы в кишинёв транзитом через ереван какой паспорт нужно взять? Российский или загранпаспорт?

Оба берите.

Пересечение границ происходит только по загранпаспорту, как в Ереване, так и в Кишинёве. Ну а внутренний тоже можете с собой взять, лишним не будет. И при покупке билета также указываете данные загранпаспорта.

Загранпаспорт.