При учете рабочих часов отпуска и отгулы за свой счет (да, у нас в компании такое практикуется) можно считать как рабочие часы? Ни у кого не возникнет вопросов, почему, например, с февраля по апрель у тебя не оплачивалась работа?

Отпуски, отгулы, перерывы на обед, походы в туалет - это не учитывается в расчете вашего времени и как правило не указывается в reference letter. Если ваша компания укажет, что вы не работали какой-то продолжительный период времени, это будет вычтено из вашего общего стажа.