Подскажите, пожалуйста, если для внж по работе нужен загран паспорт, действующий ещё 2,5 года. Если я подам на новый, но он будет готовиться 3 месяца, могу ли я получить внж?

Вам лучше говорить с юристом компании, у них могут быть свои "демоны в голове" в целом проблема решаемая, подавайте на новый (второй) паспорт как можно быстрее. Пробегитесь по ссылкам. Правда это больше относится к визитёру, но логика схожа

Вы можете получить второй загран, имея действующий на руках. Это не возбраняется.