Если я паспорт на 10 лет сделаю, границу всегда пересекала с загран паспортом на 5 лет, и я нахожусь в РФ, когда буду границу Казахстана пересекать, предъявлять уже тот что на 10 лет, по которому вид на жительство буду делать?

Лучше его использовать. Каждая миграционная - своё государство. Поэтому чтобы вопросов лишних не было, лучше оформлять по документу, с которым пересекали границу. Когда мы подавали в сентябре нас на выбор спросили по какому хотите оформлять - Загран или внутренний РФ.