Если российский специалитет не соответствует той магистратуре в германии куда я хочу, но на данный момент я работаю по той специальности, куда я хочу пойти учиться в магистратуру, это играет роль? Стоит ли мне брать рекомендацию от работодателя?

На усмотрение комиссии в вузе. Это они решают возьмут ли они вас с несоответствием диплома, но с опытом. На сайте программ обычно публикуют требования. Если вуз вас в итоге зачислит, то абх эти несоответствия не волнуют.

Если уни вам ответит что они вас берут, то проблем нет.

Всё зависит от Prüfungsordnung. В некоторых можно практику засчитать и заменить некоторые предметы или получить добавочные кредит пойнты, но это очень зависит от универа и Prüfungsordnung. В Германии студенты часто выбирают универ не по месту жительства, а как раз по Prüfungsordnung, если есть вариант облегчить себе жизнь и что-нибудь засчитать.