Без разницы, по какому паспорту РФ ехать в КЗ? И что мне лучше указать как цель визита, если я еду к мужу и сыну, гражданам КЗ, и работать я тоже собираюсь в КЗ? И вообще это принципиально?

Лучше по загранпаспорту а так без разницы, на границе лучше сказать что к мужу и к детям у вас будет 90 суток после регистрации а при трудоустройстве на работу этот статут отпадает и начинает действовать 1 год по трудовому договору типа Рвп. Если укажите цель на границе работа то попросят документ мвк.