На руках два заграна и нужно выехать из ЕС на неделю, лучше по старому или новому (прям пустой) ехать или нет разницы?

Таких проблем нет, если только вы действительно не химичите с двумя паспортами. При продлении тогда покажете оба, если уж не получается по одному ездить.