Я сделал временную регистрацию в ЦОН в Киргизии. В талоне у меня указано имя и фамилия, без отчества.

Вряд ли. Здесь не принято отчество.

Если будете делать продление, попросите, чтобы в новый вписали отчество.

Маловероятно. Единственное, если попадутся очень голодные полицейские в надежде поживиться. Шлите их в ЦОН, пусть выясняют, почему их сотрудники плохо работают).

Не переживайте. Проблем точно не будет у вас.