Подскажите, пожалуйста, а можно забронировать два слота в мигрейшен сразу, в Пафос и Никоссию, например? Или система не даст этого сделать?

Можно. Проверяли. Можно даже два слота на разные даты в одном месте. Сами бронировали в Пафосе сначала что давала система на 3 мес вперед, затем, не отменяя естественно, ловили освобождающиеся на более ранние даты.