Подскажите, пожалуйста, можно ли въехать на территорию Кипра имея на руках второй загран и ресипт из мигрейшена? Т. е. в мигрейшен подавался первый загран.

Да.

Вроде они биндили пермит к паспорту. Знаю кейс, когда уже с пластиком были проблемы с въездом, по другому паспорту Так что я бы подстраховался хотя бы копией первого заграна.