Чем в конечном итоге, не считая самой процедуры, будут отличаться подача документов на репатриацию в России или уже в Израиле? Будут ли одинаковые права и помощь от государства или разные?

В россии вы только получаете визу на пмж, то есть консул подтверждает, что вы имеете право на репатриацию по закону о возвращении. А сам статус нового репатрианта и гражданство израиля вы оформляете уже в израиле. Права и обязанности у всех новых репатриантов абсолютно одинаковые.

После получения гражданства ничем не отличаются права.