ввозить в РФ из Эстонии можно до 5кг сыра в заводской упаковке?

Можно всего продуктов до 5кг, а если только будет 5кг сыра, могут подумать что на продажу везёте.

Можно. Если это не одинаковые куски сыра - решат, что партия.